В файле index.php шаблона пропиши после кода:
$doc->addStyleSheet('templates/'.$this->template.'/css/template.css');
код: $doc->addStyleSheet('templates/'.$this->template.'/css/custom.css');
и помести в папку /css/ шаблона свой custom.css
По умолчанию в шаблоне уже подключен файл user.css