В файле index.php шаблона пропиши после кода:

$doc->addStyleSheet('templates/'.$this->template.'/css/template.css');

код: $doc->addStyleSheet('templates/'.$this->template.'/css/custom.css');

и помести в папку /css/ шаблона свой custom.css

По умолчанию в шаблоне уже подключен файл user.css